Для работы по УСН с НДС:
1. В настройках во вкладке "Общие" поставить флажок "Работа по УСН облагается НДС"
2. Для товаров/услуг указать необходимые ставки НДС. Удобно это делать через функцию "Групповые операции".

И не забудьте обновить прошивку ККТ и драйвер ККТ